Историята за втори сезон

Изминали са осем часа от осъществяването на бягството, Майкъл, Линкълн, Сукре, Си-Ноут и Абруци опитват да се измъкнат от преследвачите си. Белик е принуден да предостави командването по издирването на Специален Агент Александър Махоун от ФБР, чийто оригинален и остроумен подход прави живота на Майкъл като беглец по-труден. Като резултат от своята свръхдоза, Д-р Танкреди е в критично състояние. Отрязаната ръка на Ти-Бег го подлага на непрекъснати предизвикателства.
Махоун се опитва да примами бегълците чрез ЕлДжей, който лежи в затвора. Майкъл и Линкълн изнамират план за освобождаването на ЕлДжей. Сукре, Абруци и Си-Ноут имат свои собствен план, осъществим само тогава когато се измъкнат от техните преследвачи.
В това време, Белик и Уордън Поуп усещат гневът следван от техните неуспешни опити да заловят избягалите.
Средняка прониква в група университетски студенти излизащи в своята пролетна ваканция.
Майкъл и ранения Линкълн опитват да надлъжат Махоун, който ги преследва и е непрекъснато по техните следи. Сара има изненадващо посещение в стаята си. След своето уволнение, Белик решава да си партнира с непоколебим човек, който ще помогне в търсенето на бегълците и вкарването им зад решетките. Сукре и Си-Ноут се отправят към своите семейства за да се срещнат с тях без да бъдат заподозрени от властите.
Белик принуждава Майкъл, Линкълн и Ника, да го отведат при парите скрити в Юта от Уестморланд след отвличането на самолета през 1971 година. Келерман се цели в Сара, която приема дългоочакван разговор. Ти-Бег получава превоз от нищо не подозиращо семейство. Абруци възобновява търсенето на Фибоначи като възнамерява да приключи с това веднъж и завинаги.
Нещата не изглеждат твърде добре за Майкъл и Линкълн в тяхното състезание до Юта с останалите бегълци, които са твърде близо до парите на Уестморланд, заровени в ранчото му „Double K”. Братята се срещат с човека, който най-малко очакват да видят – Ти-Бег. Средняка е в опасност, полицията е открила предполагаемото му местоположение. Махоун проявява интерес към скритите милиони на Д. Б. Купър, Сукре отива в Лас Вегас и е решен да спре сватбата на Марикруз.
Махоун пътува към Юта и проявява интерес към всяка информация около историята с Д. Б. Купър. В опитите си да намерят парите на Уестморланд, Майкъл и Линкълн обикалят къща по къща в градчето, където се е намирало ранчото „Double K”. Приключението на Хайуайър извън стените на затвора продължава. Сукре се сблъсква с познайник.
Линкълн е решен да се събере с ЕлДжей, и има подозрения за неговото състояние и щастие в Аризона. След положените усилия по търсенето и изкопаването на заровеното съкровище, Майкъл, Си-Ноут, Сукре и Ти-Бег най-накрая се добират до него. Келерман изпитва вътрешна промяна точно тогава, когато Сара се е превърнала в цел за Компанията и е в опасност. Махоун принуждава Средняка да избира между живота и смъртта. Някой, ще бъде предаден! Някой, ще изгуби контрол! И някой, няма да се измъкне жив!
Майкъл остава с празни ръце когато Сукре се превръща в предател и взима всичките доскорошно намерени $5 милиона. В усилията и опитите си да задържи всички от взетите пари, Сукре навлиза в някои неочаквани трудности и бива неприятно изненадан. Капитан Белик и неговия партньор не са се предали в преследването на своите стари затворници. Махоун е разследван от Internal Affairs заради смъртта на Средняка. Линкълн е решен да се събере с Ел Джей, но по този начин може да попадне в капана на Компанията. Сара трябва да се бори за живота си когато конспирацията се опитва да влезе в историята за пореден път.
Майкъл обръща вниманието си и се насочва към жената на Махоун с надеждата да открие нещо компрометиращо за преследвача си. Линкълн и Ел Джей имат нелеко пътуване. Си-Ноут планира отвличане. Жената на Си-Ноут трябва да избира между своя съпруг и дъщеря си. Ти-Бег получава неприятна изненада докато търси изгубената си любов.
Срещата на Майкъл и Сара е всичко друго, но не и романтична, особено тогава когато Махоун и Келерман са решени да ги държат разделени – постоянно. Линкълн получава помощ от свои близък човек, ЕлДжей се среща с отдавна невиждания роднина. Сукре планира бягство с Марикруз, но преди това ще трябва де се свърже с нея. Ти-Бег се опитва да задържи ключа към свободата си на всяка цена.
Линкълн трябва да каже сбогом на още един обичан човек и да се опита да осъществи срещата си с Майкъл. Майкъл трябва да надхитри Wily Coyote и да осигури самолет за бягството. Махоун дешифрира важно парче от пъзела. Ти-Бег отмъщава на своите мъчители. Келерман е решен да пречупи Сара, дори и чрез насилие.
Махоун намира Coyote в болницата и го принуждава да му даде информация за излитащия самолет. Агента е решен да убие семейството на Майкъл, дори и чрез сваляне на самолета им. Си-Ноут поема риск, като той и семейството му се появявават сред обществото. Белик прави удивителни признания. Майкъл има неприятни спомени от своето детство, той и Линкълн са готови за „финалния спринт”. Келерман има неприятности със Сара, която няма да се предаде толкова лесно.
Ти-Бег отново тръгва по следите на липсващата Мисис Холандър и има добро попадение в проследяването на загубената си любов. Сукре има дълга и тежка нощ, след като самолета за бягство попада в смъртоносна турболенция. Белик е арестуван, под въпрос е връщането му в Изправителният затвор Фокс Ривър. Майкъл и Линкълн са вкарани в ареста за да бъдат транспортирани обратно във Фокс Ривър, Махоун и Келерман са принудени да вземат драстични мерки за да бъдат сигурни, че братята ще отидат в затворническата морга вместо в килиите си. Изненадващ съюзник променя играта за всички в последния епизод от есенния полу-сезон на Prison Break.
Майкъл и Линкълн нямат доверие на Келерман и изпитват съмнения към благородните му намерения да им помогне. Келерман е готов на всичко за да докаже промяната си на братята, готов е да ги заведе при Теранс Стедман и да им помогне за неговото залавяне. Стедман разбира, че не е в безопасност, агентите му трябва да го евакуират от къщата. Си-Ноут продължава да се укрива с дъщеря си, той се сблъсква с живота на самотния родител. Ти-Бег принуждава семейство Холандър да "играе" по неговите правила. Белик има проблеми с обитателите на затвора.
Майкъл, Линкълн и Келерман взимат заложник докато се опитват да избягат от властите и отправят съобщение към изчезналата Сара и света. Белик е вкаран в болничното отделение на затвора, там получава изненадваща визита. Хайуайър се завръща, забърква се в повече неприятности. Сукре няма пари, краде колата на своя добър Самарянин, прекосяването на Мексико няма да е леко.
Майкъл и Сара стават повече от "непознати във влака" на път да се изправят пред Президента. Агент Махоун среща нов съюзник в опитите си да залови избягалите затворници, Брад Белик се вживява в работата си на агент от ФБР. Си-Ноут попада в заплетена ситуация - живота на него и дъщеря му са в опасност, влака, в които се намира е нападнат от разбойници, които ще освободят взетите заложници само когато получат откупа си от полицията. Властите са на път да заловят още един от бегълците. Ти-Бег открива "истинското" щастие.
Майкъл и Сара разбират, че само Хенри Поуп може да им помогне да се сдобият с информацията, която ще разобличи "Компанията". Махоун залавя още един от осмицата на Фокс Ривър. Си-Ноут се притеснява за живота на своята дъщеря. Сукре бърза за своята среща с Марикруз, той е в опасна близост да преследвачите си. Ти-Бег завежда семейство Холандър в своя роден дом, там се натъква на разруха и много стари спомени.
След като Майкъл, Линкълн и Сара се добират до необходимото доказателство, те ще трябва да нямерят доверен човек, който да им помогне за разобличаването на конспирацията. Махоун се опитва да залови братята чрез заловения от него беглец. Ти-Бег посещава психиатър за терапевтичен сеянс, но и с други, скрити намерения. Белик е изпратен на южната граница. Келерман се среща със своята сестра, той е по петите на президента.
Майкъл е решен да се изправи пред Президента и да разкрие нейните тайни, записани на аудио касетата. Келерман се подготвя да извърши убийство. Махоун играе напрегната игра на изчакване със Сара. Ти-Бег попада в неприятности след като загубва багажа си. Белик и Сукре формират невероятен и нестабилен съюз. Си-Ноут среща сериозни последствия след своите действия.
Сара жертва себе си за безопасността на Майкъл и отплаването им с Линкълн към свободата. Белик изнудва и принуждава Сукре да не прекратяват партньорството си по търсенето на изчезналите пари. Ти-Бег, и неговия властващ терор продължават на юг от границата. Махоун най-накрая отговаря за своите действия. Планът за финалното бягство на братята може да претърпи корабокрушение. Един беглец, най-накрая вкусва свободата.
Майкъл е решен да спре терора и кръвопролитията на Ти-Бег, а Белик е решен на всичко за да сложи ръцете си върху милионите. Линкълн и Махоун се срещат лице в лице, един срещу друг. Сара е изправена пред съда и пред един от най-трудните моменти в живота си. Келерман решава собствената си съдба. Сукре се състезава с времето за да помогне на Белик.
Майкъл се състезава с времето за да спаси брат си и себе си от неспираемият и непредвидим Махоун като се опита да го победи в собствената му игра. Свидетелството на Келерман при процесът на Сара се оказва смъртоносно, оказва се различно от това, което сме очаквали – дали това е краят на Сара? Сукре рискува живота си за да спаси Марикруз. Ти-Бег и Белик попадат в Панамският затвор.